Microsoft Safety Scanner propose aux utilisateurs Windows un outil antivirus capable de supprimer les virus détectés à la demande. L'application s'utilise de façon ponctuelle, c'est à dire qu'elle ne protège pas le système en permanence. On peut utiliser Microsoft Safety Scanner lorsqu'un virus est suspecté être présent sur le poste mais que la protection résidente ne l'a pas détecté ou a été désactivée par le malware. Le logiciel se télécharge avec les dernières définitions de virus en date, les mêmes que pour Microsoft Security Essentials. Enfin, Microsoft Safety Scanner permet de faire trois types d'analyses : rapide (fichiers systèmes), complète (tous les fichiers), personnalisé (seuls les dossiers choisis).
